Климат Бурунди в основном тропический со значительными дневными амплитудами температур. Температура также заметно варьируется в зависимости от высоты в разных регионах страны. Средняя температура в центральном плато составляет 20 °C, на территории вокруг озера Танганьика 23 °C, на территориях наиболее высоких гор 16 °C. Средняя годовая температура в Бужумбуре составляет 23 °С.
Осадки нерегулярные, наиболее обильны на северо-западе страны. На большей части Бурунди среднее годовое количество осадков составляет 1300 - 1600 мм, на равнине Рузизи и северо-восточной части страны 750 - 1000 мм. Выделяют четыре сезона в зависимости от выпадения осадков: длинный сухой сезон (июнь - август), короткий влажный сезон (сентябрь - ноябрь), короткий сухой сезон (декабрь - январь) и длинный влажный сезон (февраль - май).