На севере - тропический, средняя температура января +25 C, июля - +16 C, годовое количество осадков до 700 мм. На юге — субтропический, перепад температур в июне-июле от +27 С днем до 0 С ночью, в декабре-феврале от +46 С днем до +26-35 С ночью. Сезон дождей на юге длится с сентября по апрель (менее 250 мм. осадков в год). Суточные перепады температур очень велики, на юге даже случаются ночные заморозки. В Калахари ночные заморозки вполне нормальны даже в июне и июле, в местах с достаточно влажным воздухом ночные морозы бывают в любое время, вне зависимости от дневной температуры.
Лучшее время для того, чтобы посетить Ботсвану - местная зима с мая по август.